学校坚持以学科建设为龙头，学位点建设为核心，分层分类推进学科建设。通过深耕优势学科，拓展交叉学科，培育新兴学科，构建了多学科协调发展的新格局，形成了科学有效的组织机构及高效规范的运行机制；学校坚持医学为主，医文结合、医理结合、医工结合、医管结合，协调发展的办学原则，学科建设成效显著，表现在学科特色和优势更加明显，学科水平和实力稳步提升。
学校现有1个国家重点学科——生理学。2个院士工作站——反向病原学研究中心徐建国院士工作站、核医疗创新赵宪庚院士工作站。2个教育部重点实验室——细胞生理学教育部重点实验室、煤炭环境致病与防治教育部重点实验室。1个省部共建协同创新中心——分子影像精准诊疗省部共建协同创新中心。1个国家卫生健康委重点实验室——尘肺病重点实验室。1个教育部医药基础研究创新中心——慢性肾脏病医药基础研究创新中心。1个国家原子能机构核技术研发中心——国家原子能机构核技术（核医学诊疗与转化）研发中心。联合建设1个公安部重点实验室——法庭毒物分析公安部重点实验室。3个国家级示范中心——临床技能实训中心、基础医学实验教学中心、临床教学培训示范中心。1个国家级创新创业学院。
学校现有8个学科领域进入ESI全球排名前1%——临床医学、药理与毒理学、神经科学与行为学、生物与生物化学、社会科学总论、化学、材料科学、分子生物学与遗传学。特种医学连续3年位列软科中国最好学科排名全国第一，入选中国顶尖学科；连续两年位列校友会中国一流学科排名全国第一，入选校友会世界高水平、中国顶尖学科。现有12个国家临床重点专科——骨科、护理、重症医学科、心血管内科、病理科、泌尿外科、肾脏内科、眼科、急诊医学科、老年病科、普通外科、风湿免疫科；34个国家临床重点专科建设项目；6个国家支持的山西省临床重点专科。各类省级科研平台88个。获批筹建精准诊疗山西省实验室。
学校现有5个一级学科设有博士后科研流动站——临床医学、公共卫生与预防医学、特种医学、基础医学、护理学。现有6个一级学科博士学位授权点——基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学；2个博士专业学位授权点——临床医学、口腔医学；11个一级学科硕士学位授权点——基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、特种医学、护理学、生物医学工程、马克思主义理论、心理学；10个硕士专业学位授权点——临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学、医学技术、生物与医药、社会工作、应用心理、图书情报。
（2025年11月更新）
